Mesmo querendo apenas fazer a coisa certa, Clark Kent não consegue ter um momento de paz em Superman. Ele começa a trama perdendo uma batalha para o Martelo da Borávia, que não aprecia um herói intrometendo-se nos assuntos de seu país. O Homem de Aço questiona o fato de Borávia ter um meta-humano mais forte que ele e começa a desvendar que o bilionário Lex Luthor está por trás de tudo.
No entanto, pouco antes de ele conseguir expor Lex, o vilão o supera, divulgando uma mensagem de vídeo dos pais de Superman que explica que ele está na Terra para conquistá-la, não para salvá-la. O público rapidamente se volta contra seu herói favorito, mas ele não retribui a hostilidade.
Após escapar da prisão de bolso dimensional de Lex e recarregar suas energias na fazenda Kent, Superman retorna a Metrópolis, pronto para salvar sua casa por qualquer meio necessário. 
Lex não facilita, enviando Ultraman, a Engenheira e os Raptors atrás de seu rival, que recebe ajuda na forma de Krypto e Senhor Incrível. É preciso que os três trabalhem juntos para vencer o dia, pois Lex joga toda a cautela ao vento quando adota uma tática de outro vilão da DC. Lex Luthor está preparado para destruir Metrópolis em Superman.
Depois que Superman acorda na casa de seus pais, ele tem uma conversa com seu pai que o lembra do que é importante na vida. Ele não vai permitir que Lex ou qualquer outra pessoa lhe diga o que pode ou não fazer, então ele se prepara para ir a Jarhanpur para impedir a invasão boraviana. Antes de partir, porém, ele recebe uma ligação do Senhor Incrível, que o informa que uma fenda dimensional está dilacerando Metrópolis.
Lex permite que seu portal saia do controle porque quer atrair Superman para uma última luta. O vilão consegue o que deseja e, apesar de seus capangas tentarem convencê-lo a desistir de tudo, ele avança, usando Ultraman e a Engenheira para impedir que Superman faça qualquer progresso na contenção da fenda. Os vilões não conseguem manter o Homem de Aço derrubado para sempre, e uma vez que eles estão fora de combate, o herói visita Lex em sua base móvel.
Em vez de fechar o portal e se entregar, Lex tenta fugir usando um portal próximo. Superman não permite isso, e ele detém Lex enquanto o Senhor Incrível se livra da fenda e remonta Metrópolis da melhor forma possível. Mas Metrópolis não é a primeira cidade da DC a ser dividida ao meio na tela grande.
O Coringa leva as coisas longe demais em ‘The LEGO Batman Movie’. A versão do Cavaleiro das Trevas que aparece em ‘The LEGO Batman Movie’ só se importa consigo mesmo. Ele constantemente ignora seus amigos e se recusa a respeitar seus vilões.
Até mesmo o Coringa, que é o maior rival de Batman, não consegue a atenção do herói no início do filme, o que o irrita. Com motivação renovada, o Coringa formula um plano que lhe permitirá se vingar de Batman. O primeiro passo em seu esquema é se entregar, o que Batman não entende, mas aceita.
O Coringa acaba na Zona Fantasma, onde recruta um exército de vilões prontos para retornar a Gotham e causar estragos. Durante a luta que se segue, o Coringa envia Batman para a Zona Fantasma, e o herói enfrenta seus erros. Após escapar, ele começa a consertar as coisas com todos, incluindo o Coringa, mas é tarde demais, pois as bombas que o vilão armou por toda Gotham explodem, dilacerando a cidade.
No entanto, em vez de tentar fugir como Luthor, o Coringa permanece e ajuda os cidadãos de Gotham a reconstruir suas casas. É uma pena que Lex não tenha conseguido mudar de lado em Superman, mas ainda há tempo para ele desenvolver um coração e construir um laço com o Homem de Aço, assim como o Coringa de ‘The LEGO Batman Movie’ tem com o Cruzado Encapuzado. Superman está em cartaz agora.
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